Il sistema nervoso del cavallo è altamente sviluppato e dà prova, a vari livelli, delle facoltà essenziali che sono alla base dell'intelligenza : istinto , memoria e giudizio. I puledri, che stanno in piedi poco dopo la nascita e sono in grado di seguire le madri entro poche ore, anche in questa fase iniziale della vita mostrano i tratti generalmente attribuiti ai cavalli. Hanno la tendenza a fuggire dal pericolo. Esprimono paura a volte mostrando panico e talvolta per immobilità. I cavalli attaccano raramente e lo fanno quando l'alternativa è impossibile o quando vengono spinti ad aggredire una persona che li ha trattati brutalmente.
L'abitudine governa un gran numero delle loro reazioni. L'istinto, insieme a un sottile senso dell'olfatto e dell'udito, consente loro di percepire l' acqua , il fuoco e persino il pericolo lontano. Un senso dell'orientamento estremamente sviluppato permette al cavallo di ritrovare la via del ritorno alle stalle anche di notte o dopo una prolungata assenza. La memoria visiva del cavallo lo spinge a rifuggire ripetutamente da un oggetto o da un luogo in cui aveva precedentemente sperimentato la paura. La memoria uditiva dell'animale , che consentiva a antichi cavalli dell'esercito o cacciatori di seguire il suono delle trombe, viene utilizzato nella formazione. Durante l'insegnamento, l'istruttore usa sempre le stesse parole e lo stesso tono di voce per una data reazione desiderata. I cavalli intelligenti associano presto determinati movimenti desiderati dai loro addestratori a suoni particolari e cercano persino di anticipare i desideri del loro cavaliere.
Mentre l'istinto è una reazione inconscia più o meno presente in tutti gli individui della stessa specie, il grado della sua espressione varia a seconda dell'individuo e del suo sviluppo. La maggior parte dei cavalli può percepire l'incertezza, il nervosismo o la paura di un cavaliere e sono quindi incoraggiati a ignorare o addirittura disobbedire deliberatamente al cavaliere.
È noto che gli animali astuti impiegano la loro intelligenza e abilità fisica a un fine determinato, come aprire il chiavistello di una stalla o il coperchio di una cassa d'avena.
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